علامه محمد تقی جعفری از اندیشمندان بزرگ معاصر است که جامعیت علمی بی نظیری داشته اند. البته در مورد آرا و اندیشه های او نقل قول های متفاوتی صورت می گیرد

لحن شیرین و بیان ساده و صمیمی‌اش مخاطب را مجذوب می‌کرد. نزدیکان و شاگردانش می‌گویند که بسیار ساده‌زیست بود و با اخلاق و با دغدغه و به همین دلیل طیف وسیعی از مخاطبان مختلف را در حلقه خویش داشت.
هیچ‌گاه در فضای سیاسی روز وارد نمی‌شد، اما اهل سیاست بود و دغدغه سیاسی خود را ذیل گفتمان اسلام‌سیاسی در تبیین اندیشه سیاسی آن مورد توجه قرار می‌داد و آثاری در این زمینه منتشر کرد.
بسیاری به او لقب ابن‌سینای معاصر داده‌اند و شاید همین موضوع به دلیل تنوع و جامعیت تفکری و اندیشه‌ای اوست. او صاحب تئوری‌هایی است مثل از «هست» و «باید» انسان تا «ارتباطات چهارگانه» و «سوالات ششگانه». وی نهیب سوالات پر جست‌و‌خیز و تکاپوآفرین من کیستم؟ از کجا آمده‌ام؟ به کجا آمده‌ام؟ با کیستم؟ برای چه آمده‌ام؟ و به کجا می‌روم؟ را با نسیم زوال ناپذیر ارتباطات چهارگانه: ارتباط انسان با خویشتن، با خدا، با جهان هستی و با همنوع خود پاسخ می‌داد و بشر را در خویش غرقه نمی‌ساخت، بلکه وی را همواره به «باید»ش فرا می خواند.
در فلسفه، عرفان، فقه، اصول، نجوم، ریاضی و روانشناسی و ادبیات با اثر سترگ و بزرگ شرح مثنوی معنوی او در عصر ما اما یگانه
دوران بود؛ محمد‌تقی جعفری.

«پدرم درس نخوانده بود، اما حافظه‌ای غیر‌عادی داشت و اغلب سخنان وعاظ شهر را جمله به جمله بیان می‌کرد. بعدها ما به عظمت پدرمان پی بردیم. او روحیه بسیار بالایی داشت و آدم رقیق‌القلبی بود. شغلش نانوایی بود و بدون وضو دست به خمیر و نان نمی‌زد. یک بار با پدرم خدمت آقا میرزا‌هادی حائری که از همدوره‌های مرحوم عصار بود، رفتیم. ایشان به من گفت:« راهی را که ما با مشقت ـ آن هم هفتاد سال علم و حکمت ـ طی کردیم، پدر تو در خونش دارد. » پدرم به کار خیلی علاقه‌مند بود و می‌گفت:«کار جوهر زندگی من است و بیکاری را برای خود مرگ تلقی می‌کرد. مادرم برخلاف پدرم با سواد بود و جوان هم از دنیا رفت. به هنگام مرگ (1321 خورشیدی) سی‌و‌دو‌سال داشت. نخستین بار، او قرآن را به من یاد داد. » محمد تقی در سال دوم قرن جدید در تبریز به دنیا آمد. ابتدا به مدارس علوم جدیده رفت و یک راست به کلاس چهارم رفت، او در ادامه همین جهش علمی‌ را طی کرد به‌صورتی که پس از ورود به مدرسه طالبیه تبریز و بعد از آن تهران و قم در محضر درس فقها و حکمایی چون میرزا مهدی آشتیانی، شیخ محمدرضا تنکابنی و عارف دانا سرشت میرزا محمدتقی زرگر تبریزی حضور یافت. خودش می‌گوید: «در فلسفه هم خدمت میرزا مهدی آشتیانی رسیدم و حکمت منظومه حاج ملاهادی سبزواری و بخشی از امور عامه اسفار را در محضر ایشان خواندم. ایشان روح والایی داشت و در معقول و منقول بسیار والا بود، ولی دانش خود را اظهار نمی‌کرد.» او این شانس را داشت که در مکتب اصولی و فلسفی تهران از یگانه‌های روزگار درس آموزی کند. پس از تالمات روحی ناشی از مادر فرزانه‌اش به تبریز روانه شد و پس از آن به حوزه علمیه هزارساله نجف رفت.
در نجف اما هم‌اندیشی با محمدرضا مظفر فیلسوف، فقیه و منطقی نواندیش در نجف و احمد امین ریاضی‌دان برجسته دانشگاه بغداد مولف کتاب «التکامل فی‌الاسلام» که سال‌های سال تداوم یافت، نشان از جامعیت خاصی بود که سبب شد وی در موضوعاتی چون «فقه و فیزیک»، «فلسفه و زیبایی‌شناسی»، «تاریخ و روان شناسی» و برخی دیگر از دانش‌های گونه‌گون به شناخت تمدن علمی‌ غرب و اروپا و ادبیات دوران پس از رنسانس آشنا شود. این موضوع در اولین کتابش با عنوان «ارتباط انسان ـ جهان» که در سن 30 ـ 28 سالگی به رشته تحریر درآمد، بازتاب یافته است. در دهه سی بود که به تهران آمد و تلاش‌هایش را در زمینه‌های گوناگون پی‌گرفت. پرسش اساسی علامه جعفری زیست انسان معاصر است.
او می‌کوشید که انسان و انسان جدید را به‌درستی بشناسد. بر این اساس، برای انسان‌ها فراتر از اهمیت صوری و نظری، ارزش عملی و عینی قائل بود و با اخلاقی سازنده و سلوکی راهگشا، زیباترین جلوه‌های اخلاقی و حکمی‌ خود را در همین رابطه بروز می‌داد. شاید در پرتو همین جلوه‌ها بود که در مدت زمانی نه چندان زیاد، توانست تألیفاتی پر شمار و عمدتا بدیع از خود به یادگار نهد، که از مشهورترین آنها می‌توان به مجموعه 15 جلدی «تفسیر و نقد و تحلیل مثنوی» و «ترجمه و تفسیر نهج‌البلاغه» در 27 مجلد اشاره کرد. این دو اثر به نوبه خود، حاوی عمده‌ترین تفکراتی است که او به مدت چهار دهه متناوب، به آنها پرداخت و کوشید یافته‌های خویش را در قلمروهایی چون: انسان شناسی، جهان شناسی، روان شناسی، جامعه شناسی، اخلاق، حکمت، فلسفه و عرفان ارائه کند.
صدای نی را شنیدی
یکی از شاگردان استاد می‌گوید در دهه 50 کنگره‌ای برای مولانا تشکیل داده بودند که استاد را دعوت نکرده بودند و ما از این مساله ناراحت بودیم. به یاد دارم در این کنگره، شادروان مجتبی مینوی در متن سخنرانی خود، از نظر نسخه شناسی شک داشت که در بیت اول مثنوی، بشنو از نی چون «حکایت» می‌کند درست است، یا بشنو از نی چون «شکایت» می‌کند؟ من وقتی موضوع «حکایت» و «شکایت» را با ناراحتی و طنز نقل کردم، ایشان گفت: «آقای مینوی در واژه شناسی و نسخه شناسی استادی بزرگ هستند، صحیح نیست به تحقیر از او یاد کنی! اگر از اینکه مرا دعوت نکرده‌اند، آزرده خاطر هستی، نباید نسبت به کسانی که دعوت شده‌اند، ‌بی‌حرمتی کنی! حالا به من بگو: آیا در جلسات کنگره، آوای «نی» را شنیدی یا نه؟ گفتم: نه. گفت: اگر صدای «نی» را شنیده بودی، نه در پی «شکایت» بودی و نه «حکایت!» من همان جا منقلب شده و ‌بی‌اختیار گریستم.
از یادگاری‌های استاد شرح مثنوی مولانا است که حدود پنج سال (از سال 1348 تا 1353 خورشیدی) به طول انجامید. او از ابتدا به افکار و اندیشه‌های جلال‌الدین مولوی توجه جدی و عمیق داشت. از نظر علامه، مولوی یکی از انسان‌شناسان بزرگ جهان اسلام است که به دلیل قرار گرفتن در جاذبیت شمس تبریزی و پیمودن مراحل و منازل عرفان مثبت، با تمام دانشمندان و سخنگویان تفاوت‌های اساسی دارد. جالب اینکه اما تفسیر مثنوی ماجرای دیگری نیز داشت. امتیاز این مجموعه شامخ، در دهه 60 خورشیدی توسط استاد جعفری به ناشر فروخته شد! به راستی چرا؟ ایشان به علت تغییر محل زندگی، تصمیم گرفت منزل قدیمی ‌خود را واقع در خیابان خراسان بفروشد و برای توسعه بیشتر کارهای علمی‌و پذیرایی از مراجعان داخلی و خارجی، خانه وسیع‌تری تدارک ببیند. لازمه این امر، تهیه و پرداخت مابه‌التفاوت آن بود و به علت اینکه ایشان تفاوت مبلغ را نداشت و از قرض کردن و یا پذیرفتن هرگونه کمک مادی ابا داشت، بنابراین، تنها راه، انصراف از تدارک و ساخت منزل جدید بود و یا فروش حق تالیف این اثر.
علامه جعفری گرچه از حوزه علمیه برخاسته بود و با آقایان انقلابیون رفت و آمد داشت اما پس از انقلاب هیچ‌گاه به‌دنبال مقام و پست نرفت و از این موضوع ابا داشت. در سال 1359، جوانی از او سوال کرد: شما چرا به فعالیت‌های اجرایی (سیاسی) نمی‌پردازید؟ وی در پاسخ این گونه اظهار داشته بود: فعالیت‌های اجتماعی بر دو نوع است: یک نوع آن، کارهای اجرایی است و نوع دیگر کارهای علمی‌و فرهنگی؛ من از عهده کارهای اجرایی بر نمی‌آیم. از من کارهای فرهنگی برمی‌آید که سال‌هاست به آنها مشغولم. با این حال بسیاری از مقامات جمهوری اسلامی در نزد او در رفت و آمد بودند. علامه محمدتقی جعفری، در زمره نخستین یاران حضرت امام رحمه‌الله بوده و سهمی‌ سترگ در شکل‌گیری و تداوم انقلاب اسلامی و نیز پی‌ریزی ساختمان فکری و عقیدتی انقلاب و نظام جمهوری اسلامی ایران داشته است. اگرچه در دو دهه پس از پیروزی انقلاب اسلامی، کم و بیش حضور متعهدانه و دلیرانه آن عالم ربانی و مرزبان حماسه جاوید در حراست از حریم اسلام و انقلاب اسلامی، بر همگان آشکار شده بود، ولی سابقه مبارزاتی پیش از پیروزی انقلاب و چالش عمیق و گسترده فکری و علمی‌ ایشان با رژیم ستمشاهی، تاکنون جز بر صاحب‌نظران، چندان روشن نشده است. کمتر کسی از مردم و حتی نزدیکان ایشان تصور می‌کرد که در زمان رژیم پهلوی، ساواک پرونده‌ای مفصل برای علامه جعفری تشکیل داده باشد. به هر حال علامه جعفری از جمله کسانی بود که تمامی ‌برنامه‌ها، سخنرانی‌ها و حرکاتش از طرف ساواک زیرنظر بود و به دقت کنترل می‌شد.

دموکراسی تفسیر نشده
روح علامه بسیار لطیف بود و به موضوعات به دیده اخلاقی نگاه می‌کرد. او در یادداشتی می‌نویسد: «همین ساعت که این جملات را می‌نویسم، در همین روز (4/1/1367 هـ. ش) بر خلاف تمامی ‌مقررات و قوانین بین‌المللی، موشک‌های وحشتناک و مرگبار، یکی پس از دیگری مناطق مسکونی ـ یعنی خانه‌ها و کاشانه‌های مردم را که برای زندگی ساخته و آباد کرده‌اند ـ به تلّی از ویرانه‌ها مبدل می‌کند و با شکستن چراغ‌های زندگی پیر و جوان و کودک، زن و مرد، بیمار و تندرست را در مدارس، مساجد و بیمارستان‌ها، آنها را خاموش می‌سازد. همین روزها، چند نفری در اتاقی نشسته و درباره پدیده قدرت و ناتوانی شرم‌آورِ بشر از استفاده صحیح و منطقی از آن بحث می‌کردیم که ناگهان صدای بسیار مهیب انفجارِ یک موشک، برای لحظاتی گفتگوی ما را قطع کرد و همگی به روی هم خیره می‌نگریستیم که هم‌اکنون عده‌ای [انسان] ‌بی گناه به خاک و خون درغلطیدند. در همین حال، یکی از دوستان که اهل فضل و دانش است، وارد شد و گفت: دیشب حادثه‌ای را دیده‌ام که هم تفسیرکننده دموکراسی که‌ترقی و تمدن بشری را اثبات می‌کند بود و هم تفسیرکننده سوسیالیسم که با جبر تاریخ وارد عرصه زندگی انسان‌ها شده است. این حادثه، انفجار یک موشک ویرانگر در نزدیکی خانه ما بود. پس از آرام کردن خانواده خودم، به سرعت به طرف جایگاه اصابت موشک رفتم؛ منظره بسیار هولناکی را دیدم که توانایی توصیف آن را ندارم و گمان نمی‌کنم ضربه روانی آن حادثه در درونم، تا نفس‌های واپسینم زایل شود. تلی از خاک را دیدم که همه افراد یک خانواده را در خود دفن کرده بود و تنها سر کودکی شیرخوار با انگشتان کوچک یک دستش، بیرون مانده بود. آهسته و بسیار ملایم خاک‌ها را از پیرامون آن سر کنار زدم و صورت کودک پیدا شد. در حالی که دهان او باز ‍[بود] و پستانکش در فاصله کمی دیده می‌شد، با خود گفتم: ای کاش، صدایم بلند بود و به گوش قانون‌نویس‌ها و سازمان‌های بین‌المللی حمایت از انسان‌ها می‌رسید که آقایان، تشریف بیاورید و پاسخ این کودک را که برای سوال از شما دهان باز کرده، بدهید. ولی هیهات !یکی از حاضران جلسه گفت: شما کجایید؟ اصلا معلوم است چه می‌گویید؟ مگر آنان نمی‌دانند در اینجا چه می‌گذرد؟ اگر شما فقط یک شب و روز، آنچه را که رسانه‌های دنیا می‌گویند، گوش بدهید، خواهید دید همان کسانی که با فروش اسلحه برای خونریزی، کاخ آمال زندگی خود را بنا می‌گذارند، خبر و خط می‌دهند. بسیار خوب، حالا من مانع بحث شما نشوم، ادامه بدهید آیا می‌توان راهی پیدا کرد که آدمی‌ با آن همه ادعاهایش که به تکامل رسیده و تمدن به وجود آورده است، هنگام رسیدن به قدرت، مبدل به حیوانی ناتوان نگردد و آن‌قدرت را در مسیر سازندگی به کار بیندازد؟»

ابن سینای معاصر در 25 آبان 78 درگذشت و در روضه رضوان مشهد به خاک سپرده شد.او تاثیر بسیار بزرگی در میان حوزه های علمیه و دانشگاهی گذاشت. مباحثش در باب تفسیر نهج البلاغه در واقع تبین اندیشه سیاسی اسلام بود و دریای بی کران تفسیر مثنوی معنوی گذری به وادی عرفان و اخلاق اسلامی و از همه مهمتر هدف استاد در تمام تالیف و آثارشان،شناخت درست از انسان و چگونه زیستن او بود. از این جهت علامه جعفری با جامعیت علمی که داشتند ،یکی از نوادر دوران خود می باشند.